Direi che quando l'hai montato la prima volta e funzionava al contrario, li avevi montato i cavi al contrario. Dopo che li hai girati li hai in sostanza montati correttamente...
Non mi è mai capitato di sentire di un motore che funzioni al contrario pur essendo stato montato correttamente.
Sul fatto che la qualità dei motori Atomic sia "un po' migliore" avrei da ridire, ma naturalmente i gusti son personali e i modi di guidare molteplici, quindi se ti trovi meglio con un motore Atomic piuttosto che con un PN o un motore di altra marca, ben venga il suo utilizzo!!
Io personalmente preferisco i motori PN agli Atomic perchè questi ultimi son piuttosto scorbutici e più nervosi nell'erogazione, mentre i PN solitamente son un po' più "pastosi" e progressivi... senza togliere che in pratica in (quasi) qualunque competizione ufficiale si usano esclusivamente in motori PN!